oczątki badań archeologicznych na obszarze obecnego miasta łączą się z powstaniem w 1880 roku Towarzystwa Historycznego w Bydgoszczy. Ukazujące się sprawozdania z jego działalności zawierają m. in. informacje o znaleziskach archeologicznych. Oprócz gromadzenia znalezisk, członkowie Towarzystwa prowadzili również prace wykopaliskowe m. in. w Zamczysku, Niecponiach, Wyszogrodzie oraz Bydgoszczy - Okolu. Z prac tych brak jest jednak dokumentacji, a zachowany materiał źródłowy jest przemieszany i nie przedstawia większej wartości poznawczej. Nieco więcej informacji posiadamy na temat badań wykopaliskowych w strefie dawnego wzgórza zamkowego. Z badań prowadzonych w 1889 roku, oprócz licznych fragmentów ceramiki i kości, pochodzi łyżwa kościana i żelazny toporek, natomiast podczas rozbiórki zamku w 1895 roku pozyskano kilkanaście kamiennych kul armatnich, czaszkę tura, fragmenty poroża oraz późnośredniowieczną kielnię murarską. Późniejsze badania sondażowe Wolfa, prowadzone od 27 kwietnia do 4 maja 1910 roku, dostarczyły kilkudziesięciu fragmentów ceramiki i kości. Założony wtedy wykop, jak informują metryczki, zlokalizowany był ,,na wale” widocznym jeszcze w ukształtowaniu tamtejszego terenu. W tym samym okresie, na przełomie 1889/1890 roku niemieccy miłośnicy przeszłości penetrowali rejon Czerska Polskiego, gdzie udało im się za pomocą odwiertów i ,,prac wykopaliskowych” zlokalizować relikty murowanej fortalicji Władysława Opolczyka, strzegącej przeprawy przez Brdę.
a pierwsze lata XX wieku przypada działalność Konrada Kothe, który rozpoczął badania powierzchniowe w okolicach Bydgoszczy. Dzięki jego pracom pozyskano cenne znaleziska z epoki kamienia, m.in. z Czerska Polskiego, będące jednocześnie najstarszymi śladami osadnictwa w rejonie Bydgoszczy.
okresie międzywojennym obszar Bydgoszczy wszedł w strefę zainteresowań i penetracji archeologów z ośrodka poznańskiego. Największe wykopaliska prowadzono w tym czasie na terenie budowanego szpitala na Bielawkach (obecnie Szpital Uniwersytecki im. dr. Antoniego Jurasza). Wyeksplorowano wówczas kilkaset grobów ciałopalnych, w większości popielnicowych, ludności kultury łużyckiej. Z badań tych, którymi kierował Zygmunt Zakrzewski, zachowała się jedynie szczątkowa dokumentacja, natomiast imponująca seria naczyń znajduje się w zbiorach Muzeum Okręgowego w Bydgoszczy. Oprócz powyższych, prowadzone były również badania na grodziskach: w 1932 roku Tadeusz Wieczorowski badał Wyszogród, gdzie zadokumentowano cmentarzysko szkieletowe; natomiast w 1938 roku Jacek Delekta kierował pracami za Zamczysku.
odczas II Wojny Światowej badania archeologiczne na terenie miasta niemal zamarły. Jedyny wyjątek to badania K. Kothe i Kazimierza Boruckiego w Łęgnowie, gdzie wyeksplorowano grób podkloszowy z wczesnej epoki żelaza.
adania na obszarze Bydgoszczy prowadzone po 1945 roku łączą się ściśle z działalnością Muzeum Okręgowego im. Leona Wyczółkowskiego. Długoletni kierownik Działu Archeologicznego Muzeum Czesław Potemski uczestniczył w największych przedsięwzięciach badawczych prowadzonych na obszarze dzisiejszego miasta m. in. w latach 1959-1960 na grodzisku Wyszogród oraz w latach 1961-1962 na grodzisku w Zamczysku. Pracownicy Działu Archeologicznego prowadzili szereg prac ratowniczych i nadzorów nad wykopami na terenie miasta.
asadnicza zmiana w badaniach archeologicznych na terenie miasta, zarówno w sensie ilościowym jak i jakościowym, miała miejsce w 1992 roku, kiedy to w ramach Uniwersyteckiego Centrum Archeologii Średniowiecza i Nowożytności UMK w Toruniu powołano Zespół do Badań Dziejów Bydgoszczy, pod kierownictwem prof. Jadwigi Chudziakowej. Celem Zespołu było odtworzenie dziejów Bydgoszczy, ze szczególnym uwzględnieniem okresów związanych z genezą grodu, a także kształtowaniem się średniowiecznego miasta lokacyjnego i jego rozwoju w czasach nowożytnych. Dzięki temu systematyczne prace wykopaliskowe objęły strefę grodu i zamku, a także murów miejskich. Badania te rzuciły zupełnie nowe światło na początki Bydgoszczy. Weryfikacyjnym badaniom archeologicznym poddano również grodzisko na Zamczysku.
d połowy lat 80. XX wieku Konserwator Zabytków Archeologicznych na województwo bydgoskie, działający początkowo w zespole Biura Badań i Dokumentacji Zabytków, a od 1991 roku w ramach Państwowej Urzędu Ochrony Zabytków, ścisłym nadzorem archeologicznym objął miasto, ze szczególnym uwzględnieniem Śródmieścia. Prace archeologiczne o charakterze ratowniczym i nadzory archeologiczne prowadzone są przede wszystkim na obszarze miasta lokacyjnego wraz ze współczesnymi mu przedmieściami.ybór literatury: Dygaszewicz E., Ze studiów nad zasiedleniem mezoregionu bydgoskiego w pradziejach i czasach historycznych w świetle dotychczasowych badań, Komunikaty Archeologiczne, 1994, t. VI, s. 17-40. Łoś J., J., Z dziejów archeologii w bydgoskim Muzeum, Kronika Bydgoska, 2007, t. XXIX, s. 293-309.
